A DRPRE foi criada em 2003. Resultou de uma evolução que teve o seu início em finais de 1992, numa Direcção de Serviços da DRIGE (Direcção Regional de Inovação e Gestão Educativa) liderada pela Dra. Ângela Borges, tendo o Dr. Francisco Santos como Secretário Regional.

Em 1996, na legislatura seguinte, a Direcção de Serviços sai da DRIGE e assume a forma de Gabinete de Estudos e Planeamento, passando a intervir sobre o sistema educativo de uma forma mais transversal, através e com todas as Direcções Regionais.

Em 2003, aparece então a DRPRE, resultante da junção de três serviços até aí dependentes do Gabinete do Secretário Regional: o GEP, atrás indicado, a DSAM (Aquisições e Manutenção) e a DSTSI (Tecnologias e Sistemas de Informação).

Com a nova orgânica, publicada a meio do ano de 2005, a DRPRE passou também a deter a responsabilidade na gestão da Acção Social Escolar. Entretanto, cresceu significativamente a oferta de serviços na Rede Escolar (transportes, alimentação, mais Escolas a Tempo Inteiro, mais oferta na Educação Pré-Escolar, Creches e Infantários). Nas Tecnologias de Informação e Comunicação, o acesso à Internet banalizou-se e generalizou-se nos estabelecimentos de ensino e educação, estando em crescimento substancial as ofertas de serviços sobre plataformas tecnológicas.